Ba giờ chiều ngày 20 tháng 4 năm 1978, nhằm ngày rằm tháng 3 năm Giáp Ngọ, quân đội của Pôn Pốt (Campuchia) vượt biên giới, tràn vào chùa Phi Lai. Quân Pôn Pốt bắn xối xả, tung lựu đạn giết chết tại chỗ hơn 80 người. Những người dân hốt hoảng tháo chạy ra cửa, bị quân Pôn Pốt dùng cây đập vào đầu hoặc bắn chết hơn 100 người nữa. Có 40 người đang ẩn trốn dưới bàn Phật, cũng bị tung lựu đạn làm chết 39 người, chỉ một phụ nữ còn sống sót nhờ nép trong góc và nhờ những xác người che chắn.

Sau khi chạy lánh nạn, ngày 30 tháng 4 năm 1978, người dân Ba Chúc gồng gánh trở về. Vào chùa Phi Lai, họ thấy rất nhiều vết máu in trên tường vách. Phía trước chính điện, máu lẫn nước vàng cao 0,2m. Khắp nơi mùi tử khí bốc lên nồng nặc, bởi rất nhiều xác chết nằm ngồi đủ kiểu, đang thối rữa...

Theo Bia Căm thù Ba Chúc, số người bị thảm sát là 3.157 người dân thường. Một số bị giết ở các chùa, một số bị giết ở nhiều nơi khác.Hiện nay Nhà Mồ Ba Chúc trưng bày 1.159 bộ hài cốt, số còn lại đã được thân nhân đem chôn, hoặc nằm lại trong những hang sâu trên núi Tượng...[2]…